Отделение № 1 «Ускорительное»
Отделение № 2 «Физики на ускорительном комплексе Нуклотрон-NICA»
Отделение № 3 «Физики адронов»
Отделение № 4 «Физики на встречных пучках»
Отделение № 5 «Научно-методических исследований и инноваций»
Отделение № 6 «Главного инженера»
Административно-хозяйственное подразделение
Планово-финансовое бюро
Инженерный энерготехнологический отдел
Сектор информационно-сетевых технологий